Dr. Milan Zver je bil eden izmed pobudnikov iniciative, ki si je prizadevala za odpravo podelitve mandata Evropskemu parlamentu v medinstitucionalnih pogajanjih glede predlaganih sprememb Dublinske uredbe. Iniciativa, ki je imela številno podporo v Evropskem parlamentu med vsemi političnimi skupinami, opozarja na nekatere sporne določbe glede obveznega preseljevanja iskalcev azila in sankcioniranja držav članic, v kolikor ne sprejmejo prosilcev za azil.
Najbolj sporna točka predlagane reforme Dublinske uredbe je mehanizem obveznega preseljevanja iskalcev azila v države članice, v skladu s katerim naj bi bilo v vsako državo članico preseljeno določeno število prosilcev za azil. Strukturiran sistem preseljevanja predvideva uvedbo avtomatiziranega sistema, ki bi stalno spremljal število prošenj za azil in preverjal, ali je v primeru katerekoli države članice število prošenj presežno. Presežno število prosilcev za azil se bi razvrstilo po ostalih državah članicah, glede na posebne kriterije (npr. če ima prosilec za azil v zadevni državi članici že družino, pozna jezik, ima zaposlitvene možnosti ipd.,..). Če država članica ne bi želela sprejeti prosilcev za azil, bi bila sankcionirana, tako da bi ji omejili pomoč iz evropskih strukturnih skladov. Zelo sporne so tudi določbe o sponzorstvu, ki omogočajo nevladnim organizacijam v posameznih državah članicah, sponzoriranje prosilcev za azil, kar pomeni, da jim omogočijo preselitev in bivanje v posamezni državi članici.
V Evropskem parlamentu še ni bilo široke parlamentarne razprave o omenjenih spremembah, zato je dr. Zver tem spremembam nasprotoval z glasom proti podelitvi mandata Evropskemu parlamentu za pogajanje s takšnimi izhodišči. EU ima sicer enega najbolj velikodušnih azilnih sistemov na svetu, odobritev statusa mednarodne zaščite v državah članicah EU pa v praksi mnogokrat privede do stalne naselitve v EU. Predlagani ukrepi imajo tako daljnosežne posledice zato je potrebna temeljita razprava o spornih točkah predlaganih sprememb. Ukrepe je potrebno sprejemati tudi v skladu s temeljnim načelom EU tj. načelom sorazmernosti. Dublinski sistem, ki se je izkazal kot neučinkovit, vsekakor potrebuje spremembe vendar ne takšne, ki bi temeljile na obveznem sodelovanju držav članic v distribucijskem mehanizmu in sankcioniranju, ob tem, da Evropska unija ne določi niti zgornje meje števila beguncev, ki jih še lahko sprejme, oz. ne ustvari agencije, ki bi na t.im. vročih točkah izven Evropske unije odločala o utemeljenosti prošenj za azil.
Zmanjševanje nezakonitih tokov proti Evropi in znotraj nje ter zaščita naših zunanjih meja bo uspešna le, če na pojav migracij gledamo široko in celovito. To pomeni, da je treba obenem okrepiti zaščito naših zunanjih meja, izboljšati uporabo in izvajanje obstoječih pravnih instrumentov za migracijo, okrepiti skupni evropski azilni sistem ter si še naprej prizadevati za odpravo temeljnih vzrokov migracij.
Evropski poslanec dr. Milan Zver je na novembrskem zasedanju Evropskega Parlamenta glasoval tudi proti odstavku Resolucije o strategiji EU-Afrika, ki ne predvideva pogojevanja radodarne evropske razvojne pomoči Afriškim državam. Evropska unija in Afrika imata skupni interes in odgovornost za migracije, zato bi morala biti finančna podpora Evropske unije Afriki pogojevana tudi z uspešnostjo Afrike pri omejitvi množičnega nezakonitega preseljevanja ljudi. Šele tako bomo lahko sistemsko reševali problem migracij.